A mezzogiorno del 18 agosto 1602 una stella illuminò con tre raggi l’affresco della Madonna Addolorata dipinto nel 1597 da Gio. Giacomo Anselmi sul muro di una casa presso il ponte detto della Stongarda. Quei raggi riportarono l’effigie, in alcune parti assai logorata, alla bellezza originaria. Di quel prodigio e di altri avvenuti in quei giorni fu testimone una folla numerosa.
L’affresco è da quattro secoli venerato nell’altare maggiore del Santuario. L’11 luglio 1603 il vescovo di Bergamo mons. Giov. Battista Milani benediceva la prima pietra del Santuario, aperto al culto nel gennaio del 1605. Nel 1606 venne scolpito il gruppo ligneo dell’Addolorata sul modello del dipinto miracoloso. Il 24 dicembre 1614 venne benedetta dal vescovo Giovanni Emo la colonna votiva sormontata dalla statua marmorea dell’ Addolorata, posta all’ingresso del sagrato del Santuario. E’ opera di Antonio Abbati.
Nel 1615, in adempimento a un voto, gli abitanti di Pedrengo eressero l’altare della Madonna di Loreto nel transetto sinistro della Chiesa. Sulla pala di autore ignoto sono rappresentati con la Vergine Lauretana anche le sante Caterina e Maddalena e i santi Evasio e Silvestro. Il Santuario si arricchì di opere d’arte dello Zucco, del Salmeggia, del Gozzi, del Fantoni, ecc. Negli ultimi decenni del secolo XIX la costruzione venne notevolmente ampliata su progetti di don Antonio Piccinelli e di Elia Fornoni. Vi operarono gli artisti Ponziano Loverini, Giovanni Pezzotta, Giuseppe Riva, Antonio Rota, Nino Nespoli, Luigi Angelini, Attilio Nani.
Il 17 agosto 1903 il beato card. Andrea Ferrari incoronò solennemente l’effigie.
Importanti restauri sono stati eseguiti, all’interno e all’esterno, in vista del IV Centenario dell’Apparizione.